Pilze sind der Schlüssel zum Ökosystem, da sie als Hauptzersetzer, Pflanzensymbioten und Parasiten fungieren. Zersetzende Pilze sind extrem gut geeignet, Pflanzengewebe, insbesondere Holz, abzubauen und große Mengen Kohlenstoff zurückzugeben damit die Atmosphäre. Sie sind somit wesentliche Teile des Kohlenstoffkreislaufs.
Obwohl die Zersetzung von Holz eine ihrer wichtigsten Aufgaben ist, zersetzen Pilze auch andere organische Materialien. Pilze helfen auch bei der Bodenbearbeitung, beim Abbau von Gräsern und beim Abbau von Tierdung. Ohne diese Zersetzer würden diese Materialien länger in der Umwelt verbleiben, bevor sie in Materialien umgewandelt werden, die für andere Organismen nützlich sind.
Andere Pilzarten unterstützen das Wachstum von Bäumen. Diese Pilzarten wachsen verflochten mit Baumwurzeln und nehmen Wasser und organische Verbindungen auf, um den Bäumen bestimmte essentielle Mineralien besser zugänglich zu machen. Einzelne Pilzarten sind oft spezifisch für eine bestimmte Baumart. Ohne die Bäume können die Pilze normalerweise nicht überleben, während die Bäume ohne die Pilze nicht so gut wachsen.
Parasitäre Pilze können sehr zerstörerisch sein und sowohl Pflanzen als auch Tiere angreifen. Dazu zählen die gefährlichsten Pflanzenpathogene. Allein eine Art steht im Verdacht, Milliarden von Kastanienbäumen zu zerstören. Pilzparasiten können auch Menschen angreifen und Krankheiten wie bestimmte Arten von Lungenentzündungen verursachen.
