John Hagee schrieb 1975 in einem Brief an seine Gemeinde, dass er sich der Unmoral schuldig gemacht habe, woraufhin er sich von seiner Frau Martha Downing scheiden ließ. Die genaue Unmoral ist unbekannt. Er heiratete Diana Castro, ein Mitglied seiner Gemeinde, am 12. April 1976. Die Wiederheirat unmittelbar nach seiner Scheidung führte zu Vorwürfen, dass er während seiner Ehe eine Affäre hatte.
Hagee heiratete Downing im Jahr 1960 und das Paar hatte zwei gemeinsame Kinder. Hagee war Pastor der Trinity Church in San Antonio, aber Kritik an seiner Scheidung veranlasste ihn zum Rücktritt.
Hagee hat mit Castro drei Kinder namens Matthew, Christina und Sandy. Hagee und seine Kinder mit Castro sind ebenfalls Musiker, die zusammen als The Hagees auftraten.
Am 11. Mai 1975 gründete Hagee eine neue Kirche namens The Church at Castle Hills. Obwohl es zu Beginn nur 25 Mitglieder hatte, wuchs es schnell an Größe, was zu zwei Erweiterungen führte. Das erste war ein Heiligtum mit 1.600 Sitzplätzen und das zweite war ein Heiligtum mit 5.000 Sitzplätzen. Hagee nannte das zweite Heiligtum Cornerstone Church. Sein Sohn Matthew übernahm später die Leitung der Kirche.
Hagee hat Bücher geschrieben und zahlreiche religiöse Fernsehsender senden seine Predigten. Er hat auch religiöse Organisationen gegründet.
