Die NTFS-Dateisystemspezifikation ermöglicht eine vollständige Datenverschlüsselung, die den Benutzern einen robusten Schutz vor unbefugtem Datenzugriff bietet. nur wer ein Passwort hat, kann die Daten entschlüsseln. Auf Windows-Plattformen unterstützt FAT32 nur eine rudimentäre Berechtigungsverwaltung für freigegebene Ordner, während NTFS eine ausgefeilte Berechtigungsverwaltung bietet.
Während einzelne Dateien auf jedem Dateisystem verschlüsselt werden können, unterstützt NTFS die systemweite Verschlüsselung. Auf diese Weise können Benutzer sicherstellen, dass wichtige Dokumente geschützt sind, sodass Fehler im Verschlüsselungsprotokoll oder Sicherheitslücken in der Verschlüsselungssoftware nicht zu Sicherheitslücken führen können.
Die Unterstützung für Berechtigungsmodelle mit FAT32 variiert je nach Zielbetriebssystem, aber Windows-Betriebssysteme erlauben im Allgemeinen nur die Berechtigungsverwaltung auf Netzwerkebene für freigegebene Ordner. Auf Mehrbenutzersystemen müssen Benutzer, die ihre Informationen vor anderen Benutzern schützen möchten, ihre Daten verschlüsseln.
Neben der besseren Sicherheit gegen unbefugten Zugriff bietet NTFS auch eine bessere Sicherheit der Dateiintegrität als FAT32. NTFS speichert ein Protokoll der Datentransaktionen; Einträge werden gespeichert, bevor Informationen verschoben, gelöscht oder kopiert werden. Sollte der Computer während dieser Transaktion ausfallen, kann das Protokoll dabei helfen, verlorene Informationen wiederherzustellen und die Aufgabe abzuschließen. FAT32-Partitionen hingegen sind anfällig für Datenbeschädigungen. Diese Beschädigung ist oft behebbar, aber es können trotzdem Daten verloren gehen.
