Joe Scarborough ließ sich laut TMZ im Januar 2013 scheiden. Das Paar leitete das Scheidungsverfahren erstmals im September 2012 ein und gemäß den Bedingungen eines Vergleichs teilen sie sich das gemeinsame Sorgerecht für ihre beiden minderjährige Kinder, Stand Oktober 2015.
Joe Scarborough regelte die Bedingungen seiner Scheidung von seiner Frau Susan Waren, indem er sich bereit erklärte, Susan fünf Jahre lang 30.000 US-Dollar monatlichen Unterhaltszahlungen zu leisten, gefolgt von Zahlungen in Höhe von 25.000 US-Dollar pro Monat für weitere zwei Jahre. Das Ehepaar bewohnt weiterhin das Ehehaus.
Scarborough bestreitet Gerüchte über eine romantische Beziehung mit Mika Brzezinski, seinem Co-Moderator in MSNBCs "Morning Joe". Scarboroughs Ex-Frau Susan arbeitete zuvor für den ehemaligen Gouverneur von Florida, Jeb Bush. Bevor er "Morning Joe" mit moderierte, war Scarborough ein US-Kongressabgeordneter.
