In den meisten Fällen ist ungeschliffener Mörtel für Anwendungen geeignet, die eine Mörtelbreite von weniger als 1/8 Zoll erfordern, während geschliffener Mörtel für breitere Mörtellinien verwendet wird. Geschliffener Mörtel enthält winzige Sandpartikel, die verhindern, dass die Mischung beim Aushärten schrumpft.
Die meisten Fliesenanwendungen, wie Böden und Arbeitsplatten, erfordern geschliffenen Fugenmörtel, insbesondere wenn Keramikfliesen verwendet werden. Ungeschliffener Mörtel lässt sich jedoch leichter an vertikalen Wänden wie Rückwänden und Badewanneneinfassungen auftragen. Es haftet an den Rissen zwischen den Fliesen und rutscht nicht wie geschliffener Fugenmörtel von der Oberfläche.
Obwohl es möglich ist, in schmalen Fugen ungeschliffenen Mörtel zu verwenden, ist die Verarbeitung schwieriger. Die Mischung aus Sand und Kieselsäure widersteht einer Verdichtung zwischen den Fliesen, die zu Rissen in kleinen Löchern und anderen Oberflächenunregelmäßigkeiten führen kann.
Experten empfehlen jedoch, bei Stein, Granit, Quarz und anderen glatten Steinfliesen von geschliffenem Fugenmörtel Abstand zu nehmen. Dies liegt daran, dass die Sandpartikel im geschliffenen Fugenmörtel die Oberfläche des Steins zerkratzen und dauerhafte Flecken hinterlassen können. Da nicht geschliffener Mörtel glatter ist, birgt er nicht die gleichen Risiken.
Epoxidmörtel und Fugenmasse sind zwei Alternativen zu geschliffenem und ungeschliffenem Mörtel. Epoxid ist ein üblicher Ersatz für Anwendungen, bei denen der Eigentümer Flecken, Risse und Abblätterungen des Fugenmörtels vermeiden möchte, während Fugenmasse häufig für Fugen zwischen Wänden und Böden verwendet wird.