Bobby Jones hatte eine Frau, Mary Rice Jones, und drei Kinder, Robert Jones III, Mary Ellen und Clara. Der Sohn von Bobby Jones, Robert III., starb nur zwei Jahre nach dem Tod von Bobby Jones an der Wirbelsäulenerkrankung Syringomyelie an einem tödlichen Herzinfarkt.
Jones hat auch einen Enkel namens Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV hat Kinder, aber sein ältester Sohn starb plötzlich. Robert Jones IV hat einen Master-Abschluss in Göttlichkeit und einen Ph.D. in Psychologie. Er praktiziert Psychologie in der Nähe von Atlanta.
Jones war ein frommer Baptist und unterrichtete die Sonntagsschule, aber seine Frau war eine fromme Katholikin. Das Paar erzog seine Kinder im katholischen Glauben, aber Robert III. heiratete laut Faith Magazine einen Methodisten. Bobby Jones heiratete 1924 Mary Rice. Robert Jones III. spielte Golf und gewann die Atlanta City Championship.
