Einige der Unterschiede zwischen "Ms. Pacman" und "Pacman" umfassen das Hinzufügen eines zusätzlichen Paares von Warptunneln in drei der vier Spiellabyrinthe. Außerdem unterscheiden sich die Labyrinthe selbst von den ursprünglichen "Pacman"-Spielen.
In den "Ms. Pacman"-Spielen sind die Verhaltensmuster der Geister anders als in "Pacman", und sie enthalten auch ein zufälliges Element in den Bewegungen der Geister. Dies verhindert, dass sich die Spieler die Muster merken, in denen sich die Geister bewegen, was das Spiel etwas schwieriger macht als "Pacman".
Früchte im Spiel verhalten sich auch anders. Anstatt in der Mitte der Karte zu spawnen, hüpfen die Früchte in "Ms. Pacman" zufällig durch das Labyrinth und betreten und verlassen die Warp-Tunnel in jedem Labyrinth. Sobald jede Frucht angetroffen wurde, spawnen sie auf zufällige Weise. Dies beginnt in der 8. Runde.
Es wurden auch Änderungen an der Todesanimation von Frau Pacman vorgenommen. Anstatt sich einzufalten und wie Pacman zu verschwinden, dreht sich Frau Pacman einfach herum, wenn sie einen Geist berührt. Die Soundeffekte ihres Sterbens wurden ebenfalls geändert, ebenso wie viele der anderen Sounds im Spiel.
"Ms. Pacman" hat einen Fehler in seinen Unterprogrammen, der dazu führt, dass das Spiel nach der 256. Runde unspielbar wird. Zahlreiche andere Fehler treten jedoch viel früher während des Spiels auf, was es unwahrscheinlich macht, dass ein Spieler ohne Emulation die 256. Runde erreicht.
