Obwohl sie manchmal als "Blaualgen" bezeichnet werden, sind Cyanobakterien keine Pflanzen und Prokaryoten, während Grünalgen Pflanzen und Eukaryoten sind. Beide Arten von Organismen beziehen ihre Energie aus der Photosynthese, aber Cyanobakterien haben keinen von Membranen umgebenen Kern, dessen Fehlen ein strukturelles Merkmal von Prokaryonten ist. Im Gegensatz zu Grünalgen enthalten Cyanobakterien keine Chloroplasten.
Grünalgen besitzen einen von einer Membran umschlossenen Zellkern, eine Eigenschaft, die sie als Eukaryoten einordnet. Grünalgenzellen sind auch deutlich größer als Prokaryontenzellen. Grünalgen besitzen wie Landpflanzen Chloroplasten, aber sie haben nicht das differenzierte Gewebe, das es ihnen ermöglicht, sich an das Leben an Land anzupassen, und sie müssen im Wasser leben und sich vermehren.
Obwohl es sich nicht um Pflanzen handelt, enthalten Cyanobakterien Chlorophyll, und viele sind sauerstoffhaltige Phototrophe, die zu einer Klasse von Bakterien gehören, die durch Photosynthese ihre eigene Nahrung produzieren können. Ihre Zellen haben keine inneren Kompartimente und sind mit photosynthetischen Pigmenten gefüllt. Einige Arten von Cyanobakterien können im Dunkeln wachsen und verwenden Saccharose und Glukose als Energie- und Kohlenstoffquelle.
Einige der ältesten Fossilien stammen aus miteinander verbundenen Kolonien von Cyanobakterien und haben allgemein anerkannt, dass sie eine entscheidende Rolle bei der Evolution des sauerstoffabhängigen terrestrischen Lebens gespielt haben. Cyanobakterien sind bekannt dafür, extrem tolerant zu sein
