Die American Society for Microbiology hat noch keine Archaebakterien gefunden, die Krankheiten verursachen oder für den menschlichen Körper schädlich sind. Obwohl diese Mikroorganismen viele Eigenschaften anderer krankheitserregender Bakterien aufweisen, ist das Wissen über sie begrenzt.
Methanogene sind eine Art von Archaeen, die im menschlichen Körper gefunden wurden. Es stellt sich die Frage, ob sie schädlich oder nützlich sind. Die Schwierigkeit, diese Bakterien zu isolieren und zu kultivieren, ist ein Grund dafür, dass so wenig über sie nachgewiesen werden kann. Es ist bekannt, dass sie nur in einer anaeroben Umgebung überleben und wachsen werden. Sie gehören zu den am häufigsten vorkommenden Lebensformen auf dem Planeten.
