Fruchtfliegen gehören zu den kleinsten Mitgliedern des Ordens Diptera und haben große, ausgeprägte Facettenaugen, einen ovalen Körper und einen Satz von vier Flügeln, ähnlich wie größere Fliegen. Fruchtfliegen durchschnittlich etwa 1 Zoll Millimeter lang, und die Weibchen sind etwas größer als die Männchen. Sie ähneln im Aussehen vielen Fliegenarten und haben die gleiche einzigartige Körperform, große Flügel und hervortretende Augen, aber einige wichtige biologische Unterschiede.
Fruchtfliegen werden biologisch von ihren nächsten Verwandten durch ihre Pektinat-Aristae getrennt, bei denen es sich um winzige haarähnliche Strukturen handelt, die ihre Antennen bedecken. Fruchtfliegen schlagen im Flug schneller und aggressiver mit ihren Flügeln als ihre größeren Cousins, was ihnen beim Flug durch die Luft ein unverwechselbares, höheres Summen gibt als die meisten anderen Fliegen. Wie bei anderen in der Ordnung Diptera variieren Fruchtfliegen je nach Art in der Farbe. Einige sind lebendig und lebendig und haben Körper und Flügel in leuchtendem Orange, Purpur und Gold, während andere dunkelblau, grau und schwarz sind. Fruchtfliegen haben lange Antennen, die doppelt so groß wie ihre Körperlänge sein können. Diese Antennen sind am Ende mit winzigen Fühlern ausgestattet, die die Fliegen zu ihren Nahrungsvorräten führen. Fruchtfliegen haben wie die meisten Insekten übergroße Facettenaugen, die ihnen im Wesentlichen eine 3-D-Sicht ermöglichen
