Zu den Namen von Krankheiten, die durch Protozoen verursacht werden, gehören Malaria, Durchfall, Ruhr und Kolitis. Bei Tieren können die Organismen Kokzidiose und Toxoplasmose verursachen. Symptome einer Protozoeninfektion sind Übelkeit, Bauchschmerzen und Blähungen.
Protozoen, die im Darm eines Menschen leben, können fäkal-oral auf einen anderen Menschen übertragen werden, z. B. durch die Aufnahme von kontaminierten Lebensmitteln oder Wasser. Protozoen im menschlichen Blut und Gewebe können durch einen Arthropodenvektor übertragen werden.
Protozoen sind einzellige Organismen, die zu klein sind, um mit bloßem Auge gesehen zu werden, und ihre Fähigkeit, sich beim Menschen sehr schnell zu vermehren, erhöht ihre Überlebensfähigkeit. Einige Protozoen sind Cryptosporidium parvum, Isospora belli und Balantidium coli.