Dinoflagellaten bewegen sich in einer spiralförmigen Vorwärtsbewegung, angetrieben durch das koordinierte Schlagen von zwei verschiedenen Geißeln, die aus dem Körper des Organismus herausragen. Eine Geißel ragt gerade aus dem hinteren Ende heraus und die andere kreist um die Mitte des die Zelle.
Das Geißel, das sich um die Mitte eines Dinoflagellaten windet, wird als Quergeißel bezeichnet und sitzt in einer Rille entlang der Oberfläche des Protisten, die als Cingulum bezeichnet wird. Das Quergeißel hat ein abgeflachtes Aussehen und nur die Außenkanten schlagen. Die Wellenbewegung breitet sich von der Basis der Flagellum zur Spitze aus. Die Bewegung des Quergeißels treibt das Dinoflagellum vorwärts und erleichtert auch das Drehen.
Das hintere Geißel oder Längsgeißel beginnt in der Zellmembran, erstreckt sich in einer Rinne zum Rücken des Organismus und erstreckt sich hinter den Körper des Dinoflagellaten. Dieses Flagellum schlägt langsam und regelmäßig, um den Organismus voranzutreiben.
Die Schlagbewegung der Flagellen auf einem Dinoflagellaten wird durch die Mikrotubuli-Struktur in jedem Flagellum ermöglicht. Die Mikrotubuli sind in einer Röhre von neun Paaren mit zwei Singuletts in der Mitte der Röhre angeordnet. Die Bewegung wird eingeleitet, wenn die äußeren Mikrotubulus-Dubletts gegeneinander gleiten, und diese Bewegung wird durch ATP angetrieben.
