Der Verlust von Lebensräumen in den Großen Seen wird auf invasive Arten, Verschmutzung, Küstenentwicklung, Schiffspassagen, das Verschwinden einheimischer Arten und Wasserentnahmen aus den Becken der Großen Seen zurückgeführt. Ein kleiner Teil des Lebensraumverlusts in den Großen Seen kommt von Naturphänomenen, einschließlich Naturkatastrophen wie Überschwemmungen und Dürren. Die meisten Veränderungen dieses fragilen Ökosystems sind jedoch auf menschliche Aktivitäten zurückzuführen.
In den Großen Seen stellt die Einführung nicht einheimischer Arten zusammen mit anderen Ökosystemen eine erhebliche Bedrohung dar. Invasive Arten sind Organismen wie Pflanzen, Bakterien und Tiere, die von anderen Orten in Lebensräume transportiert werden. Bei der Einführung können diese Arten einheimische Organismen um knappe Ressourcen wie Nahrung, Wasser und Unterkunft verdrängen. Invasive Arten können auch einheimische Arten durch direkte Prädation oder im Fall von Bakterien und Viren durch Krankheit und Krankheit töten.
Die Umweltverschmutzung ist ein weiterer Faktor für den Verlust der Artenvielfalt in der Region der Großen Seen. Verschmutzung tritt in zwei Hauptformen auf: Punktquelle und Nichtpunktquelle. Eine Verschmutzung durch punktuelle Quellen tritt auf, wenn Wasser aus Schneeschmelze und Regen Schadstoffe in Gewässer und Grundwasservorräte transportiert. Die Verschmutzung durch Punktquellen stammt aus direkten Quellen wie Fabriken und Kohlekraftwerken. Schließlich trägt die häufige Durchfahrt von Schiffen und motorisierten Schiffen über die Großen Seen erhebliche Mengen giftiger Chemikalien und Schadstoffe in das umgebende Wasser und die Luft bei.
