Der bekannteste Nachteil künstlich selektierter Arten besteht darin, dass sie sehr anfällig für Krankheiten sind. Da bestimmte Merkmale gezüchtet werden, wird die Variation innerhalb der Art stark verringert, was dazu führt, dass sie sehr empfindlich auf Veränderungen in der Umwelt reagieren, einschließlich biotischer und abiotischer Faktoren.
Künstliche Selektion kann auch unvorhergesehene Folgen haben, wie im Fall der afrikanisierten Honigbienen, auch Killerbienen genannt. Während die Bienen gezüchtet wurden, um mehr Honig zu produzieren, wurden auch Eigenschaften, die eine Steigerung der Aggressivität bewirkten, versehentlich weitergegeben. Dies hat zum Tod mehrerer Menschen geführt, da die Bienen immer defensiver wurden.
Selektive Zucht, ein anderer Begriff für künstliche Selektion, kann sich auch nachteilig auf die Art selbst auswirken, wie etwa bei der Inzucht von Hunden zur Erhaltung der sogenannten Reinheit bestimmter Rassen. Einige Hunderassen haben viele scheinbar inhärente Komplikationen wie Hüftdysplasie und eine kürzere Lebensdauer.
In anderen Fällen, wie beispielsweise bei der Banane, hat die künstliche Selektion Hybriden hervorgebracht, die sehr anfällig für Sterilität sind. Dies bedeutet, dass sich die Art nicht in freier Wildbahn vermehren kann, was sie einem höheren Risiko des Aussterbens aussetzt, da eine einzelne Krankheit die gesamte Art effektiv auslöschen könnte.
