Baptisten und Presbyterianer haben unterschiedliche Ansichten über die Praxis der Taufe. Baptisten glauben, dass die Person, die getauft wird, ihren Glauben an Christus bekennen muss, bevor sie in Wasser getaucht wird, während Presbyterianer glauben, dass die Menschen damit besprenkelt werden sollten Wasser als Immersion ist nicht biblisch. Presbyterianer glauben auch, dass Kleinkinder getauft werden können, obwohl sie ihrem Glauben nicht Ausdruck verleihen können. Baptisten glauben, dass Menschen in Sünde geboren werden und daher alt genug sein müssen, um Buße zu tun, bevor sie getauft werden.
Presbyterianische Kirchen erlauben Menschen, die nicht getauft wurden, die Kommunion zu empfangen, auch wenn die Person keinen Glauben zum Ausdruck gebracht hat. Baptisten hingegen lassen nur getaufte und gläubige Menschen teilnehmen.
Baptisten glauben, dass jede Kirche unabhängig ist, während presbyterianische Kirchen den gesetzgebenden und gerichtlichen Kirchenorganen Rechenschaft ablegen müssen. Mitglieder presbyterianischer Gemeinden können sich an das Presbyterium wenden, wenn sie sich über Missmanagement oder andere Probleme Sorgen machen, während baptistische Kirchen diese Bestimmung nicht haben.
Presbyterianische Priester müssen einen Hochschulabschluss oder einen anderen Bildungsnachweis vorweisen, bevor sie ordiniert werden können. Das Presbyterium überprüft auch die Kenntnisse des Priesters in Hebräisch und Griechisch, zusammen mit Philosophie, Ethik und Kirchenleitung. Baptisten glauben, dass man kein Studium braucht, um Priester zu werden; Stattdessen glauben sie, dass Gott die Menschen in den Dienst ruft und dass nur die Kenntnis des Evangeliums und der Wunsch, Seelen zu retten, erforderlich sind.