Nachteile des Human Genome Project (HGP) sind die Anzahl der Risiken, die mit den Verfahren verbunden sind, und die Diskriminierung bestimmter Merkmale. Dieses Projekt wirft auch moralische Probleme für jeden auf, der die Behandlung erhält.
Mögliche Eltern können irgendwann die Eigenschaften ihrer Kinder auswählen. Temperament und Persönlichkeit, Statur und Körperbau können alle bestimmt werden, und bis die Wissenschaft sich der Nebenwirkungen sicher ist, können bei Personen, deren DNA speziell sequenziert wurde, gesundheitliche Probleme auftreten. Ein weiterer Nachteil des HGP ist die Möglichkeit, dass es als eine Art Rassendiskriminierung verwendet wird
