Die Seneca haben mehrere traditionelle religiöse Überzeugungen und Praktiken. Es gibt einen Glauben an einen "Erdhalter" und andere natürliche Elemente und Kräfte. In der Vergangenheit hielten die Menschen Feste ab, um Erdbeeren und Ahornsaft zu ehren. Im Winter veranstalteten sie auch eine Feier, um Dank zu sagen und Vergebung zu üben. Die Menschen glaubten, dass Krankheiten das Ergebnis spiritueller Einflüsse seien, und Schamanen verwendeten bis zu 200 Kräuter, um kranke Menschen zu behandeln und zu heilen.
In der heutigen Zeit folgen viele Seneca der Langhausreligion, dem Katholizismus und anderen christlichen Konfessionen. Die Longhouse Religion begann als religiöse Bewegung namens "The Code of Handsome Lake". Handsome Lake ist der Name eines Seneca-Propheten, der die Religion 1799 begründete. Die Religion kombiniert einige traditionelle Überzeugungen der Irokesen mit Elementen des Quäkerismus und des Christentums.
Prediger der Religion rezitieren zweimal im Jahr die Offenbarung von Handsome Lake. Die vollständige Rezitation dauert drei Vormittage. Dies geschieht vor Sonnenaufgang. Der Prediger steht an einer Feuerstelle und singt ein Sonnenlied für gutes Wetter. Während der Rezitation sitzen die Gemeindemitglieder auf Bänken und die Frauen bedecken ihre Köpfe mit Tüchern.
Die Atmosphäre ähnelt einem christlichen Erweckungstreffen. Die emotionale Atmosphäre wird ansteckend und bewegt die Menschen dazu, sich öffentlich zur Religion zu bekennen.
