Nur in Pokémon Black ist es möglich Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus und . zu fangen Reshiram. Nur in Pokémon White ist es möglich Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus und Zekrom zu fangen. Es gibt auch bestimmte ästhetische Änderungen und spezifische Kämpfe, die sich unterscheiden.
Das Legendäre Pokémon, das sich dem Spieler anschließt, um gegen den mysteriösen "N"-Charakter zu kämpfen, hängt davon ab, welches Spiel der Spieler hat. Beim Spielen von Pokémon Weiß erhält der Spieler die schwarzen Pokémon vom Typ Elektro und Drache namens Zekrom. Beim Spielen von Pokémon Black erhält der Spieler das weiße Pokémon Reshiram vom Typ Feuer und Drache.
Die Legendären Wetter-Trio-Pokémon, denen ein Spieler begegnet, hängen auch davon ab, welche Version des Spiels er spielt. Spieler mit Pokémon Black treffen auf Thundurus, während Spieler mit Pokémon White auf Tornadus treffen. Beide Pokémon werden benötigt, um Zugang zu Landorus zu erhalten, also muss ein Spieler zwischen den Spielversionen tauschen, um sie zu erhalten.
Neben der Tatsache, dass jede Version bestimmte exklusive Pokémon enthält, gibt es ästhetische Unterschiede zwischen Opelucid City und Mistralton City. Drayden ist der Arenaleiter von Opelucid in Pokémon Black, aber in Pokémon White ist es Iris.
Serebii erklärt, dass es in Pokémon Black ein Industriegebiet namens Black City gibt; aber in Pokémon White wird es durch ein Gebiet namens Weißwald ersetzt. In Pokémon Black wirken die Städte fortschrittlicher und futuristischer. Die Gebäude haben Neonlichter, automatische Türen und Gewächshäuser. In Pokémon White sind die Städte ländlicher und traditioneller. Die Gebäude haben bemooste Steinwege, Scheunen und Gärten.
Laut Bulbapedia gibt es in beiden Spielen einen Charakter namens Charles der Herzensbrecher. In Pokémon Black fordert er den Spieler zu einem Rotationskampf heraus; und in Pokémon White fordert er den Spieler zu einem Dreifachkampf heraus.
