Ein homologes Merkmal, das zwischen zwei Arten geteilt wird, ist eigentlich dasselbe wie Synapomorphie, aber Synapomorphie ist der Begriff, der in der modernen Biologie bevorzugt wird. Beide Begriffe beziehen sich auf Ähnlichkeiten zwischen verschiedenen Arten, die von einer gemeinsamen Abstammung herrühren. Ähnlichkeiten zwischen Arten, die nicht von gemeinsamer Abstammung sind, werden als konvergente Merkmale bezeichnet.
Der Begriff "Homologie" wurde erstmals von Robert Owen verwendet, einem vergleichenden Anatom im 19. Jahrhundert, der insbesondere die Ähnlichkeiten in den Vorderbeinen von Wirbeltieren bemerkte. Jedes Wirbeltier-Vorderglied hat ähnliche Strukturen und Anordnungen von Knochen. Charles Darwin schlug später vor, dass diese Ähnlichkeiten auf gemeinsame Vorfahren zurückzuführen waren. Der Wechsel von der Verwendung der Homologie zur Synapomorphie erfolgte, weil erstere vor der Entwicklung der Evolutionstheorie verwendet wurde. Der letztere Begriff wird nur von Wissenschaftlern mit dieser Perspektive verwendet, und seine Bedeutung umfasst daher evolutionäre Konzepte.
Jedes Merkmal, das sich als Synapomorphie qualifiziert, ist eines, das die Nachkommen eines gemeinsamen Vorfahren teilen, aber nicht mit anderen Gruppen. Der Flügel einer Fledermaus und der Flügel eines Vogels haben trotz ähnlicher äußerer Formen sehr unterschiedliche Anordnungen der Knochen. Da die Ähnlichkeiten nicht von einem gemeinsamen Vorfahren herrühren, sind sie ein Beispiel für konvergente Evolution, nicht für Synapomorphie.
