Die seltensten Pokémon-Karten sind die Pikachu Illustrator-Karten. Weltweit gibt es nur vier, und eine wurde kürzlich für 100.000 US-Dollar bei eBay verkauft.
Andere seltene Pokémon-Karten sind die Nummern 1, 2 und 3 Trainerkarten; die Pre-Release-Raichu-Karten; und die Tropical Mega Battle 2001-Karten. Die Seltenheit der Trainerkarten mit den Nummern 1, 2 und 3 ist darauf zurückzuführen, dass während des World Finals TCG jedes Jahr eine veröffentlicht wird. Verlage begrenzen die Pre-Release-Raichu-Karten auf 10 bis 15 Karten weltweit mit einem geschätzten Wert von über 10.000 US-Dollar pro Karte. Die Herausgeber beschränken die Tropical Mega Battle 2001-Karten auf 12, sodass sie für über 10.000 US-Dollar verkauft werden.