Laut WebMD gilt Joghurt als sicher und birgt bei gesunden Personen ein geringes Risiko von Nebenwirkungen. Aus diesem Grund kann Joghurt regelmäßig von Kindern, Erwachsenen und Schwangeren im Rahmen der Ernährung verzehrt werden. In einigen Fällen ist Joghurt mit Bakterien kontaminiert und verursacht Krankheiten. Aus diesem Grund ist es wichtig, dass Joghurt richtig zubereitet und gelagert wird, um eine Kontamination zu vermeiden.
Für Menschen mit geschwächtem Immunsystem, z. B. Menschen, die HIV haben oder sich einer Organtransplantation unterzogen haben, stellt der Verzehr von Joghurt ein geringes Risiko dar. In solchen Fällen besteht die Gefahr, dass Lactobacillus, eines der lebenden Bakterien in Joghurt, sich im Körper auf ein Niveau vermehren kann, das Krankheiten verursachen kann. Dies ist zwar selten, aber Menschen mit geschwächtem Immunsystem sollten es vermeiden, große Mengen Joghurt zu essen, die lebende Kulturen enthalten, ohne vorher mit einem Arzt zu sprechen.
Joghurt, der durch Fermentation von Milch hergestellt wird, wird als Heilmittel verwendet, um die normalen Bakterien im Darm nach der Verwendung von Antibiotika wiederherzustellen. Der regelmäßige Verzehr von Joghurt hat sich bei der Behandlung von vaginalen bakteriellen und Hefeinfektionen sowie bei der Vorbeugung von Harnwegsinfektionen als wirksam erwiesen. Der Verzehr von Joghurt ist auch wirksam bei der Behandlung von hohem Cholesterinspiegel und bei der Behandlung von Helicobacter-pylori-Infektionen.