Nachteile bei der Verwendung eines geografischen Informationssystems oder GIS sind, dass seine technischen Eigenschaften die Ergebnisse als zuverlässiger darstellen können, als sie tatsächlich sind, und Fehler und Annahmen versteckt werden können, was dazu führt, dass die Ergebnisse. Ein weiterer Nachteil der Analyse der Ergebnisse aus einem GIS besteht darin, dass die Ergebnisse nur so genau sind wie die Daten, aus denen sie stammen. Aus diesem Grund können die Daten möglicherweise nicht in verschiedenen Kontexten verwendet werden, insbesondere wenn die Daten nicht anwendbar sind.
Wenn beispielsweise die Eingabedaten in ein GIS auf Kreisebene eingegeben werden, können die Ergebnisse im GIS nur für die Kreisebene verwendet werden, nicht für eine andere Ebene, wie etwa die Bezirks- oder Gemeindeebene. Die Datenverfügbarkeit an sich ist ebenfalls ein wichtiges Thema. Wenn die Daten nicht verfügbar sind, ist das GIS-System nutzlos.
Außerdem sind GIS-Systeme nicht wie andere Programme. Sie kommen nicht "von der Stange", was bedeutet, dass sie nach einem Benutzerdesign montiert und konstruiert werden müssen. Dies kann ein langer, komplexer und kostspieliger Prozess sein. Aus diesem Grund kommen viele GIS-Systeme nicht zum Tragen oder scheitern bei ihrer Implementierung, weil ihre Erstellung überstürzt oder unzureichend geplant wurde.
GIS-Systeme sind oft so komplex, dass es schwierig wird, den immateriellen Nutzen zu beschreiben, den sie bieten können, was es schwierig macht, Finanzierung für ihre Erstellung zu finden. Außerdem wächst die Technologie hinter der GIS-Technologie schnell, was dazu führt, dass GIS-Systeme eine hohe Veralterungsrate aufweisen. Es ist auch sehr schwierig, GIS-Programme zu erstellen, die sowohl schnell als auch benutzerfreundlich sind. GIS-Systeme erfordern normalerweise eine komplexe Befehlssprache. Datenfelder und ihre Zugänglichkeit sind auch nicht sehr gut verstanden, und Daten können unvollständig, veraltet oder fehlerhaft werden, was das GIS irreführend macht.
