Es gibt laut BS Free viele GameShark-Codes für Metroid Fusion auf dem Game Boy Advance. Um diese Codes einzugeben, muss die Spielkassette in das GameShark-Gerät und dann in den Game Boy Advance eingeführt werden. Geben Sie zuerst den Aktivierungscode ein: "00000F6D 000A" und "100008B4 0007". Durch die Eingabe dieser Codes können alle anderen Cheats aktiviert werden.
Um den Unverwundbarkeitscode zu aktivieren, geben Sie "33001249 0001" ein. Dies führt dazu, dass Samus während des gesamten Spiels Schaden vermeidet. Stoppen Sie den Ereignis-Timer, indem Sie "830008D8 00DA" eingeben. Schnellere Aufnahmen werden durch Eingabe von "3300124E 0000" aktiviert. Dieser Code ermöglicht es Samus, schnelle Feuerschüsse ohne Pausen zwischen dem Schießen zu machen.
Code "83001252 A001" ermöglicht schnelles Laufen, sodass Samus ermüdungsfrei mit maximaler Geschwindigkeit laufen kann. Um den Mondsprung zu aktivieren, geben Sie "74000130 03FE" und "83001260 0040" ein. Der Mondsprung verleiht Samus eine drastisch erhöhte Sprunghöhe. Geben Sie für unendlich viele Raketen "83001314 03E7" ein. Um maximale, aber nicht unbegrenzte Raketen zu haben, geben Sie "83001316 03E7" ein. Code "33001318 0063" bewaffnet Samus mit unendlich vielen Superbomben.
Wenn ein Spieler eine besonders anspruchsvolle Spielform sucht, kann er mit dem Code "3300131B 0000" alle Raketen und Bomben ablegen. Schalte alle Waffen, Anzüge und Spezialfähigkeiten frei, bevor du sie im normalen Spiel erhältst, indem du „4300131A FFFF“ und „00000003 0002“ eingibst. Gib "820382E4 0000" ein, um den Timer im Spiel zu unterbrechen und auf 00:00 zu setzen.