Die Wasserverschmutzung durch Nährstoffe verursacht ein Überwuchern von Algen und mikroskopisch kleinen Pflanzen, während giftige Schadstoffe im Wasser Pflanzen unter Stress setzen oder sogar töten können. Ob die Verschmutzung sich positiv oder negativ auf das Pflanzenleben auswirkt, es stört das Gleichgewicht des Ökosystems, oft mit verheerenden Auswirkungen.
Die Nährstoffverschmutzung tritt häufig aufgrund vieler menschlicher Aktivitäten auf, einschließlich des Abflusses von Ackerland. Regen löst Phosphor und Stickstoff aus Düngemitteln, die auf Pflanzen und tierische Abfälle ausgebracht werden. Die Zunahme der Nährstoffe führt zu einer möglichen Algenblüte, die durch Sauerstoffmangel tote Stellen im Wasser verursacht.
Sauerer Regen ist eine weitere Form der Wasserverschmutzung, die das Pflanzenleben beeinträchtigt. Saurer Regen tritt auf, wenn Wasser in der Atmosphäre Chemikalien auflöst, darunter Schwefeldioxid und Stickstoffdioxid, die von Vulkanen und Automotoren gebildet werden. Wenn der Niederschlag zu Boden fällt, verschmutzt er die Wasservorräte. Es senkt den pH-Wert des Wassers und letztendlich des Bodens, hemmt das Wachstum einiger Pflanzen und tötet andere ab.
Phytotoxizität tritt auf, wenn sich Giftstoffe in der Umgebung ansammeln und das Wurzelsystem der Pflanze sie absorbiert. Chemikalien reichern sich mit kumulativer Wirkung in Wassersystemen und der Umwelt an. Quecksilber, das auch Fische und Tiere befällt, wirkt toxisch auf Pflanzen. Samen wachsen nicht, während reife Pflanzen beginnen zu welken und aufgrund von Phytotoxizität zu sterben.