Da es sich um ein Pokémon vom Typ Fels/Flug handelt, hat Aerodactyl natürliche Schwächen gegenüber Fels-, Stahl-, Wasser-, Eis- und Elektroangriffen. Diese Elemente fügen einem Pokémon mit . doppeltem normalen Schaden zu null Widerstand und null Schwäche für sie.
Aerodactyl hat eine hohe natürliche Abwehr, da es ein Gesteinstyp ist. Darüber hinaus ist es ein fliegender Typ, der ihm völlige Immunität gegen Bodenangriffe verleiht. Diese Kombination macht ihn zu einem der wenigen Flugtypen mit sehr guter allgemeiner Verteidigung und einer guten Menge an Resistenzen, aber die Mehrheit der Typen, die vollen Schaden anrichten, wie Fee, Dunkelheit und Hellseher, sind ebenso zahlreich und machen Aerodactyl anfällig für Status Beschwerden.