Die membrangebundene Struktur, die Verdauungsenzyme enthält, ist das Lysosom. Lysosomen enthalten Enzyme, die organische Makromoleküle wie Kohlenhydrate, Fette und Proteine abbauen. Alle tierischen Zellen enthalten Lysosomen, aber am häufigsten sind sie in den Zellen des Immunsystems, wie den weißen Blutkörperchen, vorhanden.
Etwa 40 verschiedene Verdauungsenzyme befinden sich in einem Lysosom. Diese Enzyme werden von Organellen, den sogenannten Ribosomen, hergestellt, die an das endoplasmatische Retikulum angelagert und von den Golgi-Körpern verpackt werden. Das Innere oder die Matrix eines Lysosoms hat einen sauren pH-Wert von etwa 4,8, was die optimale Umgebung für die Enzyme ist. Außerhalb des Lysosoms werden diese Enzyme unschädlich gemacht, da der pH-Wert dort nicht sauer ist und die normale Funktion der lysosomalen Enzyme nicht unterstützt.