Uniqlo wurde 1984 in Hiroshima, Japan, gegründet. Es begann als Geschäft für Freizeitkleidung und sein Name steht für "Unique Clothing Warehouse". Uniqlo wurde als Teil des Unternehmens Fast Retailing gegründet und vor seiner internationalen Expansion in eine hundertprozentige Tochtergesellschaft von Fast Retailing ausgegliedert.
Die Muttergesellschaft von Uniqlo, Fast Retailing, hieß bis 1991 Ogori Shoji. Ogori Shoji wurde 1949 in Yamaguchi, Japan, gegründet. Vor der Gründung von Uniqlo verkaufte Ogori Shoji Herrenbekleidung über die Ladenkette Men's Shop OS. Uniqlo war das erste Unisex-Bekleidungsgeschäft des Unternehmens.
Das Geschäft wurde gegründet, um Kleidung für alle Stilrichtungen anzubieten. Die Designs von Uniqlo sollten einfach sein, damit Kunden sie an bestehende Kleiderschränke und Stile anpassen können. Uniqlo-Produkte sollten unabhängig von Modetrends und den Stilunterschieden zwischen Altersgruppen, Geschlechtern und Regionen sein.
Uniqlo expandierte 2002 erstmals außerhalb Japans. Die ursprünglichen internationalen Geschäfte befanden sich in China und Großbritannien. 2005 expandierte das Unternehmen in die USA, Hongkong und Südkorea und 2010 nach Malaysia. Außerdem wurden Uniqlo-Standorte in Australien, Bangladesch, Frankreich, Macau und Indonesien sowie auf den Philippinen, Russland, Singapur, Taiwan und Thailand.