Stammzellen verwenden Signale, um den Differenzierungsprozess einzuleiten, wobei sie von einer unspezialisierten Zelle zu einer spezialisierten Zelle mit unterschiedlichen Funktionen und Formen heranreifen. Diese Signale stammen entweder aus dem Inneren der Zelle oder aus der äußeren Umgebung, in der die Zelle lebt.
Die chemischen Sekrete benachbarter Zellen, die Moleküle in der Umgebung der Zelle und sogar der physische Kontakt mit anderen Zellen sind externe Signale, die den Beginn der Differenzierung auslösen. Interne Signale werden durch die Expression der Gene der Zelle gesteuert. Alle diese Signale arbeiten zusammen, um die Zelle zu dem spezifischen Zelltyp zu reifen, der sie werden wird.