Cross-Over ist der Vorgang, bei dem ein Abschnitt auf einem homologen Chromosom abbricht und sich auf dem anderen homologen Chromosom wieder anlagert. Homologe Chromosomen kommen paarweise vor, wobei eines von der Mutter geerbt wird und das andere von der Vater.
Cross-Over tritt bei der Meiose auf, einer Art der Zellteilung, die Ei- und Samenzellen herstellt. Während der Meiose, der sogenannten Prophase I, paaren sich die homologen Chromosomen. Die Arme auf den homologen Chromosomen überlappen sich, und Teile an den Armen lösen sich, wandern zu den anderen Chromosomen und heften sich an. Cross-over verursacht Variabilität während des Meioseprozesses, so dass die resultierenden Ei- oder Samenzellen mehr genetische Variationen zur Weitergabe haben.