Nassfassungen sollten idealerweise keine Luftblasen aufweisen, da Anfänger beim Betrachten unter dem Mikroskop möglicherweise Schwierigkeiten haben, die Blasen von der Probe zu unterscheiden. Das Vorhandensein von Blasen kann auch lebende Organismen daran hindern, sich frei zu bewegen. Ein weiteres Problem besteht darin, dass große Blasen die Anzeigeauflösung verringern können.
Mikroskope zur Betrachtung nasser Fassungen sind so konzipiert, dass sie die höchste Auflösungsqualität bieten, wenn die Probe in Wasser eingetaucht wird. Wenn statt Wasser eine große Luftblase die Probe umgibt, wird die Bildqualität beeinträchtigt. Ein weiteres Problem mit Luftblasen in nassen Halterungen ist, dass sie unter dem Mikroskop einen dunklen Ring um ihre Ränder zu haben scheinen. Dieser dunkle Ring kann einen Teil des Präparats verdecken und die Sicht erschweren.
Bestimmte Probenarten sind anfälliger für Luftblasen als andere. Blasen können leicht unter Proben mit der Form von großen Blättern, wie z. B. Zwiebelschalenscheiben, eingeschlossen werden. Poröse Proben sind auch anfällig für Luftblasen, da ihre Poren vor der Herstellung der nassen Einbettung mit Luft gefüllt werden können. Ein Vakuum ist nützlich, um die Luft aus den Poren abzusaugen. Auch Proben mit fettiger Oberfläche bilden leicht Luftblasen, da sie Wasser abstoßen. Das Auftragen von Alkohol auf die Probe, um die Fettschicht zu entfernen, kann dazu beitragen, Luftblasen zu vermeiden.
