Start- und Stoppcodons sind wichtig, weil sie der Zellmaschinerie mitteilen, wo die Translation, also der Prozess der Proteinherstellung, beginnen und enden soll. Das Startcodon richtet auch den Leserahmen des DNA-Strangs ein. zeigt an, dass jedes Triplett nach diesem Punkt für eine bestimmte Aminosäure kodiert.
Start- und Stoppcodons befinden sich sowohl auf dem ursprünglichen DNA-Strang im Zellkern als auch auf dem Boten-RNA-Strang, der als Proteinvorlage dient. Die mRNA, die einem bestimmten Gen auf dem DNA-Strang entspricht, wird im Zellkern synthetisiert, wobei der Antisense-Strang der DNA als Richtlinie für die Reihenfolge der Codons verwendet wird. Dieser mRNA-Strang wandert dann zu einem Ribosom im Zellkern, wo der Proteinzusammenbau stattfindet.
In den meisten Organismen ist das einzige Startcodon ATG, ein Triplett aus den DNA-Basen Adenin, Guanin und Thymin. ATG kodiert auch für die Aminosäure Methionin, wenn es sich in der Mitte eines Gens befindet. In der mRNA-Matrize wird ATG durch AUG ersetzt, da die Base Uracil in der RNA immer anstelle von Thymin auftritt.
Stopcodons gibt es in drei verschiedenen Formen: TGA, TAG und TAA. In RNA erscheinen diese drei Codons als UGA, UAG und UAA. Im Gegensatz zum Startcodon kodiert keines der Stoppcodons für eine Aminosäure.
