Mega Bloks sind im Allgemeinen voll kompatibel mit LEGO. Mini Mega Bloks sind kompatibel mit LEGOs Duplo und Standard-Blöcken und ihre Maxi-Blöcke sind mit Duplo kompatibel.
Obwohl sie kompatibel sind, wird kritisiert, dass Mega Bloks im Vergleich zu LEGO eine minderwertige Marke sind. Aufgrund der geringeren Qualität sind bei den Mega Bloks-Stollen und -Löchern Inkonsistenzen vorhanden, die nicht immer eine ordnungsgemäße Kompatibilität mit LEGO ermöglichen. Die Kompatibilität funktioniert am besten, wenn die Steine im Gegensatz zu 3D-gebauten Modellen direkt übereinander geschichtet werden. LEGO gilt als haltbareres Produkt, aber Mega Bloks sind viel günstiger.
