Die Verwendung von zu viel Händedesinfektionsmittel und anderen handelsüblichen antibakteriellen Haushaltsprodukten kann schädlich sein, da dies laut Healthy Child zu Antibiotikaresistenzen führen kann. Antibiotika sind nicht in der Lage, bakterielle Infektionen mit Antibiotikaresistenz zu bekämpfen .
Antibakterielle Produkte können die "guten" Keime des Körpers schädigen, die eine wichtige Rolle beim Schutz von Menschen vor Infektionen spielen. Der übermäßige Gebrauch von Händedesinfektionsmitteln und antibakteriellen Seifen führt laut NBC News zu einer übermäßigen Sensibilisierung des Immunsystems für eingehende Reizstoffe. Dies bedeutet, dass eine zu saubere Reinigung zu erhöhten allergischen Sollwerten führen kann, was dazu führen kann, dass manche Menschen auf Umweltallergene überreagieren.