Der Synapsenprozess findet im Prophase-I-Stadium der Meiose statt. Bei der Synapse verbinden sich replizierte homologe Chromosomen, die als Tetrade bekannt werden. Crossover zwischen zwei Paaren von Tetraden kann jederzeit auftreten.
Während der Synapse beginnen die homologen Chromosomen mit ihren Enden, die mit der Kernhülle verbunden sind. Die Chromosomen wandern dann, bis die passenden Enden miteinander verbunden sind. Das Stück, das die Chromosomen nach der Paarung verbindet, wird als synaptonemaler Komplex bezeichnet, bei dem es sich um eine Proteinstruktur handelt. Dieses Stadium wird oft mit der Prophase verwechselt, die bei der Mitose auftritt, aber sie erfüllen unterschiedliche Funktionen und führen nicht zu den gleichen Ergebnissen.