Das Hauptziel von Skip-Bo Junior ist es, alle Karten im individuellen Vorrat eines Spielers loszuwerden. Jeder Spieler hat einen Vorrat an Karten, normalerweise 10, es sei denn, ein längeres Spiel wird gespielt, und drei Karten werden offen vor den aktiven Spieler gelegt. Dies wird seine oder ihre Hand für diese Runde.
Spieler decken die oberste Karte ihres Vorratsstapels um. Da das Ziel darin besteht, diesen Stapel zuerst loszuwerden, sollte ein Spieler immer versuchen, diese Karte zuerst zu spielen. Im Zentrum des Spiels befinden sich vier Baustapel. Jeder Spieler kann auf jedem der Gebäudestapel spielen. Diese Stapel werden mit einer "1"-Karte oder einem "?" Karte, die eine Wildcard ist und als beliebige Zahl gespielt werden kann. Jede Karte wird dann nacheinander bis 10 gespielt. Hat ein Spieler keine "1" oder kein "?" die gespielt werden kann, wird der Zug an den nächsten Spieler weitergegeben.
Nach jedem Spielzug teilt der Dealer drei weitere Karten auf die Handstapel. Es dürfen nur die obersten Karten gespielt werden. Sobald eine Karte von einem der Stapel gespielt wird, wird die darunter liegende Karte aktiv und kann verwendet werden. Das Spiel wird fortgesetzt, bis ein Spieler alle Karten seines Vorrats ausgespielt hat.