Der Fortschritt eines Spielers wird automatisch am Ende jedes Kapitels oder Levels von "Indiana Jones" für die Wii gespeichert. Spieler können das Spiel nicht manuell speichern.
Während einer automatischen Speicherung wird in der unteren rechten Ecke des Bildschirms ein Hutsymbol angezeigt. Der Hut verschwindet, sobald der Speichervorgang abgeschlossen ist. Das Spiel wird auf freien Blöcken oder Speicherplatz auf der Wii oder ihrer Speicherkarte gespeichert. Jeder Fortschritt, der vor dem Erreichen des Endes eines Kapitels oder Levels gemacht wird, geht verloren, wenn das Level nicht abgeschlossen wird.
Spieler können das gespeicherte Spiel laden, indem sie die Option zum Laden aus dem Hauptmenü auswählen.
