BIOS-Dateien wie ROM1.bin und SCPH1000.bin müssen im selben Ordner abgelegt werden, in dem die ROMs gespeichert sind, damit PS2emu funktioniert. BIOS sind für alle PS2-Emulatoren erforderlich. BIOS steht für „Basic Input/Output System“ und wird nicht nur in PS2-Emulatoren verwendet.
Für PS2-Emulatoren sind mehrere BIOS-Dateien verfügbar. Dazu gehören SCPH1000.bin, SCPH100.bin und SCPH7003.bin. Spieler benötigen nur eine dieser Dateien, damit ein PS2-Emulator funktioniert. Jede BIOS-Datei bezieht sich auf eine andere Region, in der die PS2 veröffentlicht wurde. SCPH1001.bin ist beispielsweise die BIOS-Datei für die PS2, die in Amerika veröffentlicht wurde, während SCPH1000.bin und SCPH7003.bin für die japanische bzw. europäische Version bestimmt sind.