In Pokémon Emerald ist es nicht möglich, ins Weltall zu reisen. Die Spieler besuchen im Laufe des Spiels das Mossdeep Space Center, können jedoch keine Rakete besteigen, um ins All zu fliegen.
Das Gerücht, dass es möglich ist, in den Weltraum zu fliegen, begann wahrscheinlich mit den Pokémon Deoxys, die angeblich aus dem Weltraum kommen. Deoxys wird in diesem Spiel jedoch auf Birth Island erhalten. Auf der Station werden regelmäßig Teststarts durchgeführt, und ein Wissenschaftler dort gibt eine aktuelle Zählung der erfolgreichen Tests an, aber der Spieler kann in keiner Weise daran teilnehmen. Die Zahl, die der Wissenschaftler angibt, entspricht tatsächlich der Anzahl der Wochen, die seit Beginn des aktuellen Spiels vergangen sind.
Im Laufe des Spiels übernimmt Team Magma das Space Center und der Spieler muss es ihm zurücknehmen. Dieses Ereignis tritt ein, kurz nachdem der Spieler das Gedankenabzeichen von Mossdeep Gym erhalten hat. Sobald Team Magma die Kontrolle über die Einrichtung übernommen hat, muss der Spieler alle Team Magma Grunts im ersten Stock beseitigen. Sobald dies erledigt ist, können die Spieler in den zweiten Stock gelangen, wo sie sich mit Steven Stone treffen. Stone schließt sich dem Spieler für einen Doppelkampf gegen Maxie und Tabatha an.
