Jupiter hat eine trockene, dichte Atmosphäre; Winde mit hoher Geschwindigkeit, Turbulenzen und lang anhaltende Stürme sind üblich. Das Wetter auf Jupiter unterscheidet sich stark von dem auf einem felsigen Planeten wie der Erde.
Die Winde in der oberen Atmosphäre des Jupiter wurden mit einer Geschwindigkeit von mehr als 320 Meilen pro Stunde gemessen. Wissenschaftler wissen nicht genau, wie Jupiter unter den Wolken aussieht. Die meisten glauben jedoch, dass die Atmosphäre etwa 50 Kilometer dick ist und zwei Wolkenschichten enthält. Die untere Wolkenschicht ist dick und undurchsichtig, während die obere Schicht dünn und transparent ist. Es ist nicht bekannt, was sich unter den dicksten Wolken befindet, aber die meisten Wissenschaftler bezweifeln, dass Jupiter eine echte Oberfläche hat, die die Grenze zwischen dem Planeten und seiner Atmosphäre bildet. Es ist möglich, dass die „Oberfläche“ eine Aufschlämmung ist, eine gefrorene Gaskugel.
Jupiter hat einen berühmten roten Fleck, der seit mindestens mehreren hundert Jahren besteht. Der rote Fleck ist in praktisch allen historischen Aufzeichnungen von Astronomen verzeichnet, die den Planeten studiert haben. Wissenschaftler vermuten, dass es sich bei dem riesigen roten Fleck tatsächlich um einen Hurrikan oder Tornado auf Jupiter handelt. Dieser Sturm ist jedoch viel größer als alle Stürme auf der Erde. Der rote Fleck schrumpft und wächst mit der Zeit, aber am größten erreicht er einen Durchmesser von 40.000 Meilen.