Das Great Barrier Reef entstand durch einen langen und langsamen Prozess, bei dem organisches Material wie Steine, Pflanzen und Tiere sowie Schalen toter Korallen angesammelt wurden. Das Great Barrier Reef begann mit der Bildung von etwa 20 Millionen vor Jahren. Abgestorbene Muscheln von Korallen, zusammen mit Überresten von Algen, Anemonen, Fischen, Würmern, Krustentieren, Schnecken, Schildkröten und Schlangen sammelten sich und gaben auch dem Great Barrier Reef Gestalt.
Historiker sind sich nicht einig darüber, wann die Menschen zum ersten Mal das Great Barrier Reef entdeckt haben. Historischen Aufzeichnungen zufolge haben Aborigines jedoch wahrscheinlich vor etwa 40.000 Jahren das Great Barrier Reef entdeckt. Aborigines ließen sich zu dieser Zeit im heutigen Australien nieder. Sie fischten in den umliegenden Gewässern und navigierten durch die tückischen Kanäle der nahegelegenen Torres-Straße. Damals sah das Great Barrier Reef jedoch noch ganz anders aus. Es bedeckte große Landstriche in Form von Küstenebenen.
Historiker wissen mehr über das Great Barrier Reef, da die Europäer den australischen Kontinent betraten. Matrosen und Entdecker berichteten, dass Schiffe unter Wasser auf Land stießen, was kostspielige und zeitaufwändige Reparaturen erforderlich machte. Durch Versuch und Irrtum entdeckten die Europäer schließlich sichere Navigationsrouten durch und um das Great Barrier Reef. Das Great Barrier Reef hat im Laufe der Jahre auf mehr als 30 Schiffen das Leben gekostet und ist nach wie vor ein zentrales Fischereigebiet.