In Pokémon Red wird dem Wissenschaftler im Pokémon-Labor auf Cinnabar Island das Fossil des Alten Bernsteins entweder vor oder nachdem er den Leiter des Fitnessstudios Blaine besiegt hat, übergeben. Der Wissenschaftler belebt den Alten Bernstein wieder und gibt dem Spieler ein Aerodactyl der Stufe 30. Professor Oak interagiert nicht mit dem Alten Bernstein.
Ein Wissenschaftler im hinteren Teil des Pewter City Museums verteilt den Alten Bernstein, nachdem der Spieler die Fähigkeit namens Schneiden erlernt hat. Zusätzlich zum Erhalt von Aerodactyl aus dem Alten Bernstein ist es möglich, einen Omanyte aus dem Helix-Fossil und einen Kabuto aus dem Dome-Fossil in Pokémon Rot, Blau und Gelb wiederzubeleben. Der Spieler kann jedoch nur eines dieser beiden Fossilien auswählen, wenn sie in Mt. Moon angeboten werden. Ein anderer Charakter nimmt den anderen.
Aerodactyl ist ein duales Gesteins- und Flug-Pokémon, das sich zu keinem anderen Pokémon entwickelt. Das einzige andere Pokémon vom Gesteins- und Flugtyp im gesamten Franchise ist Archen und seine weiterentwickelte Form Archaeops.
Archen wird ebenfalls aus einem Fossil wiederbelebt und wurde erstmals in der fünften Generation von Spielen verfügbar. In der sechsten Generation des Pokémon-Franchise erhielt Aerodactyl eine temporäre Mega-Evolution, die aktiviert wird, wenn der Spieler Aerodactyl mit dem Gegenstand Aerodactyl ausrüstet.
