Der Team Rocket-Wissenschaftler Gideon blockiert den Eingang zum Punktierten Loch, bis der Spieler die Team Rocket Grunts in der Eisfallhöhle besiegt hat. Er wird diese Position verlassen, sobald die Grunts besiegt sind.
Der Spieler muss die Eisfallhöhle in der Geschichte erreicht haben, bevor das Punktierte Loch geöffnet werden kann. Ein Labyrinth aus rutschigem Eis und zerbrechenden Kacheln muss durchquert werden, um die Wasserfall-Fähigkeit zu finden, die es den Spielern ermöglicht, tiefer in die Höhle vorzudringen. Dort findet der Spieler die Elite-Four-Trainerin Lorelei, die gegen eine Gruppe von Team Rocket Grunts kämpft. Der Spieler muss nur einen besiegen, während Lorelei sich um den Rest kümmert.
Wenn der Spieler zum Punktierten Loch zurückkehrt, wird Gideon verschwunden sein, aber der Spieler ist noch lange nicht mit ihm fertig. Die Cut-Fähigkeit wird benötigt, um den ersten Stock des Dotted Hole zu passieren, und dann müssen zwei Rätsel gelöst werden. Nachdem Gideon den Saphir aus dem Dotted Hole geholt hat, kehrt er zurück, um ihn zu stehlen, stellt den Spielern jedoch auch das Passwort für den Zugang zum Rocket Warehouse in Five Isle Meadow zur Verfügung. Dort muss der Spieler gegen einige Team Rocket Admins und schließlich gegen Gideon selbst kämpfen, um den Saphir zu bergen.
