Viele der Vögel, Reptilien, Amphibien und Säugetiere des Regenwaldes sind gefährdet. Dazu gehören bekannte Tiere wie die Schimpansen Zentralafrikas und relativ unbekannte Tiere wie der Elefantenfrosch Australiens. Die tropischen Regenwälder beherbergen mehr Arten als alle anderen terrestrischen Lebensräume.
Gefährdete Regenwaldvögel sind die Hyazinthe und der Lear-Ara in Südamerika sowie der Gelbhaubenkakadu in Indonesien. Die Zerstörung von Lebensräumen ist für viele dieser Vögel ein ernstes Problem, aber einige von ihnen, insbesondere der Hyazinth-Ara, haben aufgrund des Sammelns für den Heimtierhandel auch einen Bestandsrückgang erlebt.
Die weltweiten Amphibienpopulationen gehen seit mehreren Jahren zurück. Sowohl der goldene Pfeilgiftfrosch als auch die goldene Mantille sind vom Aussterben bedrohte Amphibien des Regenwaldbodens. Die Ursachen des Amphibienrückgangs sind nicht in allen Fällen klar und können auf die Kombination von Lebensraumzerstörung, Pilzen, Klimawandel und Sammlung zurückzuführen sein.
Säugetiere wie das Java-Nashorn und der Sumatra-Tiger sind vom Aussterben bedroht. Beide werden wegen ihrer angeblichen medizinischen Eigenschaften gejagt, aber sie sehen sich auch zunehmend fragmentierten Lebensräumen gegenüber. Das Mähnen-Drei-Zehen-Faultier und das Zwerg-Drei-Zehen-Faultier sind zwei weitere Tiere, die aus ihren tropischen Regenwald-Lebensräumen verschwinden.
