Das berühmteste Gewässer in Boliva ist der Titicacasee ("Lago" auf Spanisch), der größte See Südamerikas und der höchste kommerziell schiffbare See der Erde. Andere Seen im Altiplano-Becken gehören Poopó, Salar de Coipasa, Salar de Uyuni und Uru Uru. Die Seen im Altiplano-Becken reichen von brackig bis salzig. Zu den Süßwasserseen im Tiefland gehören Huaytunas, Rogaguado, Rogagua, Guachuna und El Océano.
Der bemerkenswerteste Fluss in Bolivien ist der Amazonas. Andere große Flüsse im Amazonasbecken sind Madiera, Beni, Madre de Dios, Mamoré, Yata, Iténez (auch bekannt als Guaporé), Itonmas (auch bekannt als San Miguel, San Julián oder San Pablo), Río Blanco (auch bekannt als Baures oder Agua Caliente), San Martin, Río Grande (auch bekannt als Guapay) und Acre. Das Becken von La Plata enthält die Flüsse Paraguay, Bermejo und Pilcomayo.
Der Sol de Mañana ist ein Geysir im Departement Potosi im Südwesten Boliviens. Die Straße von Tiquina ist der Kanal, der die beiden Hälften des Titicacasees verbindet, den größeren Chicuito-See und den kleineren Pequeno-See.
Bolivien ist ein Binnenland und in keiner Richtung mit dem Meer verbunden, obwohl der Titicacasee groß genug ist, um eine mildernde Wirkung auf das umgebende Klima zu haben.