"Pokémon Yellow" birgt viele Geheimnisse, darunter spezielle Pokémon, versteckte Techniken und geheime Gegenstände. Anders als in „Pokémon Red“ oder „Pokémon Blue“ ist es möglich, alle drei Starter-Pokémon zu erwerben. Um Squirtle zu bekommen, müssen die Spieler zuerst Lt. Surge besiegen. Dann müssen sie Officer Jenny mitten in der Stadt finden; Sie bietet das mächtige Wasser-Pokémon an.
Charmander kann gefunden werden, indem man nach Cerulean City geht und die fünf Trainer auf der Brücke nach Norden besiegt. Nachdem sie die Trainer besiegt haben, können die Spieler zum ersten quadratischen Gehweg gehen und mit dem Mann dort sprechen. er gibt einen Glumanda auf. Bisasam ist auch in Cerulean City zu finden. Spieler können zum Haus neben dem Pokémon Center gehen, um Melanie zu treffen, die sich um verletzte Pokémon kümmert. Wenn Pikachu glücklich ist, bietet Melanie dem Spieler ihren Bulbasaur an. Wenn Pikachu nicht glücklich ist, können Spieler Pikachu fünf Tränke hintereinander geben und dann erneut mit Melanie sprechen.
Um die legendären Zapdos zu finden, sollten Spieler die Surf-Technik verwenden, um in der Nähe des Rock Tunnels ins Wasser zu gehen. Sie müssen dem Strom zum Kraftwerk folgen, um Zapdos in der Nähe des Ausgangs zu finden. Um die versteckte Mimic-Technik zu finden, muss ein Spieler zuerst eine Pokédoll im Celadon Mart kaufen. Dann muss er nach Saffron City gehen und mit dem Copycat sprechen, der die seltene Technik teilt. In Celadon City können Spieler in der Game Corner nach geheimen Münzen suchen. Sie können herumlaufen und wiederholt "A" drücken, um diese Münzen auf dem Boden zu finden.
