Einige der wichtigsten Gewässer in Alabama sind der Alabama River, Tennessee River, Tombigbee River, Black Warrior River, Mobile River, Cahaba River, Coosa River, Tallapoosa River, Chattahoochee River, Choctawhatchee River, Conecuh River , Mobile Bay und Choctawhatchee Bay. In Alabama gibt es keine natürlichen Seen; Einige künstliche Seen wurden jedoch aus den Dämmen und Stauseen an den verschiedenen Flüssen geschaffen.
Die meisten Wassersysteme in Alabama münden in den Golf von Mexiko. Der Mobile River entsteht am Zusammenfluss von Alabama River und Tombigbee River. Andere künstliche Seen in Alabama sind Guntersville, West Point, Aliceville, Bear Creek, Bankhead und Harding.