Zusätzlich zu ihrem bekanntesten Merkmal, dem künstlichen Kanal, der sie halbiert, gibt es in der Republik Panama zerklüftete Berge, Küstenebenen und sanfte Hügel. Der dünne Landstreifen, der umfasst die 29.157 Quadratmeilen große Nation ist eine Landenge, die die Kontinente Nordamerika und Südamerika verbindet. Der 1914 fertiggestellte Panamakanal ermöglicht Schiffen die Überquerung des Atlantiks und des Pazifischen Ozeans, die nördlich und südlich der Landenge von Panama liegen.
Panama ist das südlichste Land Mittelamerikas und grenzt auf südamerikanischer Seite an Kolumbien und auf mittelamerikanischer Seite an Costa Rica. Das zentrale Rückgrat des Landes mit Bergen und Hügeln im Landesinneren ist das dominierende topografische Merkmal des Landes. Die Gipfel dieser Wirbelsäule wurden durch vulkanische Intrusionen gebildet und die Bergregion war das Ergebnis einer Hebung, die vom Meeresboden ausging. Die gesamte Bergkette, die sich von Costa Rica im Nordwesten bis hinunter zum Kanal erstreckt, wird allgemein als Cordillera Central bezeichnet. Der höchste Punkt in Panama ist der Gipfel des Vulkans Baru mit 11.401 Fuß.
An der Grenze zwischen Panama und Kolumbien befindet sich ein fast undurchdringlicher Dschungel, der Darien Gap genannt wird. Dieses Gebiet ist die einzige Unterbrechung im gesamten panamerikanischen Autobahnsystem, das Alaska mit der Region Patagonien im Süden Argentiniens verbindet.