Laut The Flag Foundation of Nigeria steht der zentrale vertikale weiße Streifen der nigerianischen Flagge für Frieden und Einheit und spielt auch auf den Niger-Fluss an, der durch das Land fließt und ihm seinen Namen gibt. Die grünen Streifen, die den weißen Bereich flankieren, symbolisieren Nigerias üppige Landwirtschaft.
Nigeria hat dieses Flaggendesign 1959 informell übernommen. Es wurde von Michael Taiwo Akinkunmi, einem in London lebenden nigerianischen Ingenieurstudenten, entworfen. Er reichte seinen Vorschlag ein, nachdem er beim Lesen einer nigerianischen Zeitung in der Bibliothek eine Anzeige für den Nationalflaggenwettbewerb gesehen hatte. Laut Akinkunmi wurde er von dem Anblick der darunter liegenden grünen Felder Nigerias inspiriert, als er nach England flog.
Ursprünglich enthielt das Design eine stilisierte rote Sonne mit abwechselnd langen und kurzen Strahlen im mittleren weißen Bereich, aber die Jury ließ dieses Element weg. Die Flagge von Akinkunmi wurde aus fast 3.000 Einsendungen ausgewählt. Der Preis von 100 Pfund wurde ihm von der nigerianischen Botschaft in London verliehen.
Nigeria wurde am 1. Oktober 1960 eine unabhängige Nation. Am selben Tag, genau um 12:00 Uhr, wurde Akinkunmis grün-weißes Design als offizielle Flagge des Landes am Fahnenmast hochgefahren und ersetzte die Flagge Großbritanniens.