Während der Kern das genetische Material der Zelle beherbergt, enthält der Nucleolus sich entwickelnde Ribosomen. Der Kern ist von einer porösen Doppelmembran umgeben und der Nucleolus besteht aus ribosomalen RNA-Proteinen.
Der Nukleus ist für viele Prozesse der Zelle verantwortlich und trägt seine wesentlichen Informationen, und der Nukleolus ruht darin. Im Kern befindet sich alles, was die Zelle braucht, um ihre Rolle zu erfüllen. Außen herum befindet sich eine poröse Membran, die den Durchgang von Ionen, Wasser, ATP für Energie und anderen Mikromolekülen ermöglicht. Die DNA im Zellkern bleibt im Inneren, kann aber Informationen in Form von mRNA außerhalb der Zelle übertragen. Dies ermöglicht die Fortpflanzung und andere zelluläre Prozesse.
Im Gegensatz dazu hat der Nukleolus eine ganz spezielle Aufgabe, nämlich die Herstellung von Ribosomen. Wie der Zellkern spielt es eine geringe Rolle bei der Vermittlung von Zellsignalprozessen und ist besonders nützlich, wenn es auf Zellstressoren reagiert. Im Gegensatz zum Zellkern besitzt er keine Zellmembran. In den meisten menschlichen diploiden Zellen gibt es einen Kern, obwohl während der Mitose bis zu 10 erscheinen. Die Matrix ist nicht gut organisiert. Es besteht hauptsächlich aus rRNA-Molekülen, ist also nicht so vielfältig wie der Zellkern.