Glykolyse ist der Abbau eines Glukosemoleküls in zwei Pyruvatmoleküle, während der Krebs-Zyklus die Umwandlung der resultierenden Pyruvatmoleküle in eine als Acetyl-CoA bekannte Verbindung ist. Beide Schritte erfolgen vor der oxidativen Phosphorylierung, dem wichtigsten energieerzeugenden Prozess des aeroben Stoffwechsels. Die Glykolyse ist ein Prozess, der von allen Lebensformen verwendet wird, auch von denen, die keinen Sauerstoff verwenden.
Während die Glykolyse nur netto zwei ATP produziert, im Gegensatz zu 36 bei der vollständigen aeroben Atmung, führen einige Bedingungen dazu, dass sich Organismen vollständig darauf verlassen – selbst diejenigen, die normalerweise Sauerstoff verbrauchen. Laut der University of Illinois in Chicago sind menschliche Muskelzellen in der Lage, mithilfe der Glykolyse eine gewisse Funktion fortzusetzen, wenn sie ihre aerobe Kapazität überschreiten. Einige einzellige Organismen verwenden ausschließlich die Glykolyse. Wenn dies geschieht, verwenden Organismen die Fermentation, um notwendige Moleküle wieder aufzufüllen und produzieren Milchsäure oder Alkohol als Abfall. Die Glykolyse findet im Zytoplasma statt, weg von den Mitochondrien.
Der Krebs-Zyklus hingegen findet in den Mitochondrien direkt vor der oxidativen Phosphorylierung statt. Der Krebs-Zyklus erzeugt neben Kohlendioxid auch zwei Netto-ATP. Der Krebs-Zyklus ist ein relativ komplexer Prozess mit mehreren Schritten, bei dem das Acetyl-CoA langsam verändert wird, bis es in einer geeigneten Form für die oxidative Phosphorylierung vorliegt.